De Spaanse verovering van de Q'anjob'al begon in de jaren 1520, toen Pedro de Alvarado soldaten door het huidige Guatemala leidde met als doel de verschillende indianengroepen die daar leefden te veroveren. Veel krachten droegen bij aan de verovering van de Q'anjob'al door de Spanjaarden. Europese ziektes, militaire aanvallen en zendelingen dienden allemaal om de Q'anjob'al bevolking te verzwakken en uit te putten.

Tijdens de koloniale periode oefenden particuliere landeigenaren hun politieke macht uit om inheems land in te lijven bij hun eigen persoonlijke landgoederen. De particuliere landeigenaren gebruikten deze gronden om koffie te verbouwen, wat tijdens de koloniale periode een lucratief geldgewas was. Door het regeringsbeleid verloren de Q'anjob'al Indianen tussen 1880 en 1920 meer dan 70 procent van hun land aan de Ladinos. Als gevolg vandrie eeuwen koloniaal beleid dat grote particuliere grondbezitters beloonde boven de inheemse Q'anjob'al, werden de laatsten gereduceerd tot boeren en migrerende arbeiders.

Het land van de Q'anjob'al staat onder voortdurende druk en als gevolg daarvan hebben veel mensen zich gewend tot linkse politieke doelen, die landhervormingen beloven. De reactie van de regering van Guatemala was om de Q'anjob'al gewelddadig te onderdrukken. Vanwege dit beleid begonnen veel Q'anjob'al halverwege de jaren tachtig naar de Verenigde Staten te emigreren.