In 1511-1512, na de inname van Malakka, zond Afonso de Albuquerque een vloot uit om de Molukken te ontdekken. Op hun weg langs de noordkust van Flores passeerden de Portugese schepen Palu'e. De loods Francisco Rodrigues maakte een panoramische tekening waarop het eiland tegen de achtergrond van Flores is afgebeeld. In hun mythologie herleiden alle groepen van het eiland uiteindelijk hun oorsprong naar een plaats gelegenDe laatste stadia van deze mythen hebben betrekking op de oversteek vanuit de Lio regio aan de noordkust van Flores. Tot op de dag van vandaag eren deze groepen langdurige allianties in oorlogsvoering met een aantal etnische groepen van centraal en oost Flores. In sommige gevallen behouden zij rechten op landgebruik en rituele plaatsen op Flores. In een document uit 1699 claimde de raja van Gowa in Zuid-SulawesiHet is twijfelachtig of deze claim ooit gehandhaafd is. Het gebrek aan drinkwater op Palu'e werd voor het eerst opgemerkt door de Schot Cameron, die het eiland kort bezocht in 1860. Cameron vermeldde ook de reputatie van de eilandbewoners bij de naburige eilanden als botenbouwers (Palu'e-boten werden gewoonlijk uitgewisseld).Negentiende-eeuwse bronnen noemen het eiland in de context van piraterij en slavenhandel. Palu'e boten zouden de Flores Zee overvallen en goed bewapende Bugis schepen overvallen. Voorouderlijke schatten op Palu'e worden vaak in verband gebracht met deze activiteiten in het verleden en banden met Bugis groepen van het koninkrijk van Bone op Sulawesi worden nog steeds erkend. Tegen het einde van de eeuw begonnen de NederlandseHet leger voerde verschillende mislukte strafexpedities uit tegen kustdorpen. In 1906 werd het eiland gepacificeerd met de hulp van een inheemse kustgroep en gedwongen de opperheerschappij te aanvaarden van de Raja van Sika, de door de Nederlanders benoemde inheemse heerser van het regentschap Maumere op Flores. Een opeenvolging van Sikkanese verwanten van de Raja werden zijn vertegenwoordigers op het eiland. Zij hadden de titel van kapitan Zij werden belast met het innen van een hoofdbelasting en het afdwingen van gemeenschappelijke arbeid. Later werden de houders van dit ambt gerekruteerd uit de bovengenoemde kustgroep en opgeleid door de katholieke missie (Sociëteit van het Goddelijk Woord, of SVD) op Flores. Slechts in enkele gevallen werden leden van afstammingsgroepen die traditionele politieke ambten bekleedden benoemd tot dorpshoofd. In 1928 barstte de vulkaan Rokatenda uit,waarbij enkele honderden mensen omkwamen en grote delen van het eiland werden verwoest. In de ogen van de bevolking was deze uitbarsting veroorzaakt door Nederlandse pogingen om water te graven op het eiland. De zendingsactiviteiten van de op Flores gevestigde SVD-missie begonnen in het eerste kwart van de eeuw en waren voornamelijk gericht op het collectief dopen van de bevolking en het opleiden van toekomstige inheemse bestuurders en religieuzen.In 1938 vestigde de missie een permanente aanwezigheid op het eiland, die alleen werd onderbroken tijdens de periode van Japanse bezetting (1942-1945). Gedurende bijna veertig jaar werden scholing en medische zorg verzorgd door de SVD. Op dit moment is ongeveer 90 procent van de bevolking nominaal katholiek. Scholing en medische zorg worden nu verzorgd door Indonesische overheidsinstanties,en de twee parochies van Palu'e worden geleid door priesters van de Indonesische katholieke kerk. In 1966 nam Palu'e de desa systeem, waarbij groepen traditionele dorpen werden verenigd in bestuurlijke eenheden (desa). Op enkele uitzonderingen na volgden deze de grenzen van traditionele domeinen, maar in sommige gevallen werd het traditionele systeem van politieke alliantie doorkruist door lang bestaande vijanden te groeperen. Bestuurlijk wordt Palu'e nu geclassificeerd als een subdistrict ( perwakilan ) en opgenomen in het district ( kecamatan ) van Maumere op Flores. De afgelegen ligging ten opzichte van het bestuurlijke centrum, periodieke vulkaanuitbarstingen van verschillende intensiteit en het beruchte gebrek aan water hebben de bevolking van Palu'e de afgelopen dertig jaar tot doelwit gemaakt van transmigratie naar Flores. Sinds 1982 zijn deze inspanningen van de provinciale overheid gedeeltelijk succesvol geweest en zijn er transmigratienederzettingen gevestigd op deTot op heden is slechts één desa verplaatst naar zijn nieuwe locatie.