Over het algemeen wordt gedacht dat de Naxi naar hun huidige locatie zijn gemigreerd vanuit ergens in het noorden in Oost-Tibet, West-Sichuan of de provincie Qinghai rond het begin van de jaartelling. Sommige geleerden denken dat de Naxi oorspronkelijk verwant waren aan het Qiang-volk dat nu in het noordwesten van Sichuan woont. De huidige Naxi-samenleving en -cultuur zijn sterk beïnvloed door meer dat1.000 jaar van voortdurend contact met hun regionaal dominante buren, de Tibetaanse en Han (Chinese) volkeren. Gedurende de zesde tot twaalfde eeuw maakten de Naxi deel uit van de machtige Nanzhao en Dali-koninkrijken, gecentreerd rond het Erhai-meer, ongeveer 150 kilometer ten zuiden van Lijiang. Deze koninkrijken onderhielden (opeenvolgend) nauwe maar niet altijd vriendschappelijke betrekkingen met zowel Tibet als China, en opOp het hoogtepunt van hun macht in de laatste jaren van de Chinese Tang-dynastie (618-906), beheersten de Nanzhao een gebied dat een groot deel van het westen van Yunnan, het zuiden van Sichuan, en tot in Birma en Tibet besloeg. In 1252 werden de Naxi veroverd door de Mongoolse legers van Kubilai Khan, de stichter van de Chinese Yuan-dynastie (1260-1368), en sindsdien staan ze onder de politieke hegemonie van de Chinese regering.staat. Tijdens de Yuan- en Ming-dynastieën (1368-1644) werd de Chinese heerschappij over veel van de etnische groepen in Zuid- en West-China indirect uitgeoefend door middel van erfelijke "inheemse stamhoofden" ( tusi), Onder de Naxi waren er twee belangrijke stamhoofden, de Mu stam in Lijiang en de A stam in Yongning. Militaire conflicten tussen China en Tibet in het begin van de achttiende eeuw leidden tot de permanente vervanging van de Mu stamhoofd door een reguliere Chinese magistraat in 1723. Leden van de A stam bleven als inheemse stamhoofden in Yongning tot 1957. Na hunzuidelijke buren, de Bai, behoren de Naxi tot de meest gesiniseerde etnische minderheden van Yunnan. Dit geldt in het bijzonder voor de Naxi die in de stad Lijiang wonen, want al tijdens de Ming-dynastie maakten de Mu-hoofden er een punt van om Han (Chinese) kooplieden, ambachtslieden, geleerden en religieuze specialisten in het gebied te verwelkomen. Een vergelijkbaar verzoenend beleid ten opzichte van Tibet komt tot uiting in deverschillende Tibetaanse lamaserieën in de regio, waarvan de meeste zwaar gefinancierd werden door de familie Mu.